De medezeggenschap van ouders en medewerkers is geregeld in de Wet Medezeggenschap Scholen. De afspraken over de organisatie van de medezeggenschap binnen CPOB zijn vastgelegd in het zgn. “medezeggenschapsstatuut CPOB”.
Iedere CPOB-school heeft een eigen medezeggenschapsraad (MR), waarin ouders en medewerkers zijn vertegenwoordigd. De MR heeft advies- en instemmingsrechten m.b.t. het door de school te voeren beleid. Het overleg met de MR wordt door de schooldirectie gevoerd.
Voor CPOB als geheel functioneert een gemeenschappelijke medezeggenschapsraad (GMR) die dezelfde rechten heeft als de MR voor zaken die alle scholen van CPOB of van alle CPOB-scholen in een plaats aangaan. De GMR neemt in die gevallen de taak over van de individuele MR-en.
Het bestuur voert het overleg met de GMR waarbij in alle openheid geprobeerd wordt gezamenlijk te komen tot goede besluiten voor de CPOB-organisatie. Waar nodig specialiseren werkgroepen zich en regelmatig wordt voor de gehele GMR een studiebijeenkomst georganiseerd.